Математические методы представляют собой лишь один момент в последовательном процессе создания теории, который начинается с видения, описанного Й. Шумпетером, продолжается выбором необходимых абстракций, развитием математических и количественных моделей и проверкой теории на эмпирических данных с использованием статистических методов. Однако в современной политической экономии абстрактные проблемы формулируются таким образом, чтобы их можно было анализировать имеющимися в наличии математическими инструментами. Роль эмпирических исследований в ограничении теоретических размышлений, на которой основывается единство научной традиции, оказалась подорванной специфическими ограничениями зарождавшихся эконометрических методов и узурпирована методологическим произволом теоретиков. Эти тенденции привели к систематическому предпочтению определенных идеологических установок в экономической науке. Новое политэкономическое мышление должно начинаться с видения капиталистической экономики как сложной, адаптивной системы, далекой от равновесия, и включать развитие теории статистических колебаний в экономических взаимодействиях, переход макроэкономики и финансовой экономики от предсказания траекторий экономических переменных к пониманию качественных свойств системы, введение конструктивных и численных методов в экономическое моделирование и критическую реконструкцию эконометрических статистических методов.